استنكر الدكتور سيف الدين عبدالفتاح، استاذ العلوم السياسية بجامعة القاهرة ، الموقف المتناقض للروائي علاء الأسواني بشأن سياسات الحكم العسكري أثناء فترة حكم المجلس العسكري برئاسة المشير طنطاوي عقب ثورة 25 يناير، وسياساته أيضا عقب انقلاب 3 يوليو الماضي بقيادة الفريق أول عبدالفتاح السيسي وما تبعه من مجازر بحق المتظاهرين السلميين، وحملات الاعتقالات العشوائية.
وكان علاء الأسواني قد كتب في مقال له بعنوان "فى انتظار المحاكمات العسكرية" نشر بجريدة "المصري اليوم" بتاريخ 12 مارس 2012، قال فيه : " يجب أن يفهم المجلس العسكرى أنه كسلطة سياسية ليس معصوماً من الخطأ وليس فوق المحاسبة، لن نخاف ولن نسكت عن الحق أبداً مهما يكن الثمن الذى سندفعه".
أضاف الأسواني في مقاله تعليقاً على ممارسات المجلس العسكري وعمليات الاعتقال العشوائية وتلفيق القضايا للثوار آنذاك، قائلاً: " إثارة البلبلة وتكدير السلم الاجتماعى والتحريض ضد قيادة القوات المسلحة والعمل على إسقاط الدولة وزعزعة الاستقرار .. إلخ، كلها تهم مطاطة وفارغة بلا معنى ولا سند قانونى".
وعلى الرغم من تصريحات الأسواني المناهضة لسياسات الحكم العسكري عقب ثورة 25 يناير إلا أن الأسواني اتخذ موقفاً متناقضا من انقلاب 3 يوليو وما تبعه من عمليات قتل وسحل وحرق المعتصمين السلميين على ايدي قوات الجيش والشرطة، وحملات الاعتقالات العشوائية، حيث اعتبر الأسواني أن القوات المسلحة في حالة حرب ضد الإرهاب، وأن من حق الفريق السيسي الترشح لرئاسة الجمهورية، وفقا لتصريحاته مع برنامج «بهدوء» على قناة «سي بي سي».
وتسائل د.عبدالفتاح عبر صفحته الرسمية على "فيسبوك" ساخراً: " ما الذي تغير؟! طبيعة التهم أم طبيعة الأسواني ؟!، ماذا يقول علاء الأسواني المدني لعلاء الأسواني العسكري ؟!".