اتهمت الصحف الموالية للانقلاب الجمعية الشريعة باتهاماٍت خبيثة، على الرغم مما تقدمه من أعمال خيرية للفقراء والمرضى والمحتاجين بدون أسباب واضحة أو أدلة حقيقية.
فتخرج البوابة النيوز التي صنفها صحفيون على تابعيتها للأمن، لتدعي أن الجمعية الشرعية تسيطر على المساجد وتحرض على الجيش والشرطة وتستغل أموالها في شراء أسلحة الأمر الذي نفاه تمامًا رجال الجمعية الشرعية، مؤكدين علي إنه كلامٌ عارٍ من الصحة.
أكد مصطفى إسماعيل، الأمين العام والمتحدث الرسمي للجمعية الشرعية الرئيسية، إن التصريحات المنسوبة التى تخرج بالخطر على المجتمع من وجود الجمعية الشرعية والسنة المحمدية وأن ميزانية الجمعية الشرعية توزاي ميزانية بعض الدول وأنها تقوم بتغذية العقل المصري بفكر غريب "هو كلام غير صحيح وعبارات مرسلة ليس لها معنى إلا تشويه صورة الجمعية الشرعية دون أي سند أو دليل".
وقال إسماعيل في تصريحاتٍ صحفية: "الجمعية الشرعية لتعاون العاملين بالكتاب والسنة المحمدية تجمع ولا تفرق، وهي مؤسسة منذ أكثر من 100 عام تخضع منذ تأسيسها وحتي الآن إلي رقابة أجهزة الدولة وهي وزارة التضامن الاجتماعي والجهاز المركزي للمحاسبات الذي يقوم بالتفتيش على كل صغيرة وكبيرة من مواردها".
وتابع قائلًا إن أجهزة الدولة تراقب مصاريف الجمعية التي تنفق على أكثر من نصف مليون يتيم، وعلى عطاءات الفقراء من مواد غذائية ولحوم في رمضان والعيد الأضحى، فضلًا على مشروعاتها الطبية العملاقة مثل "مستشفى الأورام والحروق ومراكز غسيل الكلى ومراكز الأشعة التشخيصية ومراكز العيون، وأكثر من 1000 حضانة للأطفال المبتسرين، بالإضافة إلى ذلك المشروعات التنموية العملاقة التي ومنها على سبيل المثال محطات تنقية المياه التي تجاوزت 700 محطة يشرب منها يوميًا ما يزيد عن 8 مليون مواطن"، مؤكدًا أن جميعها تعمل بالمجان، ويستفيد منها المسلمين وغير المسلمين من أبناء الشعب المصري.
من جانبه طالب الدكتور المختار المهدي رئيس الجمعية الشرعية فى الرسالة التى تم تعميمها على جميع الأئمة والخطباء التابعين للجمعية ، الالتزام بمواضيع خطبة الجمعة التى قررتها وزارة الأوقاف، وكذلك الالتزام بالوقت المحدد للخطبة، والبعد كل البعد عن الاقتراب من الأحداث السياسية بأى طريقة، محذرًا جميع الأئمة والخطباء التابعين للجمعية بأن من سيخالف منهم هذه التعليمات سيتم اتخاذ الإجراءات القانونية الحاسمة ضده.
وكان وزير الأوقاف بحكومة الانقلاب ، محمد مختار جمعة، قرر ضم مساجد الجمعية الشرعية لأوقاف الوزارة، بخاصة بعد واقعة إفتاء أحد خطباء إحدى مساجد الجمعية ، بأن شراء شهادات الاستثمار في مشروع قناة السويس الجديدة "حرامٌ لأنها ربا".
فيما كشف مصدرٌ مطلع بالجمعية الشرعية، أنها ليس لديها رغبة في الدخول في صراع مع وزارة الأوقاف، واصفًا الأوقاف بأنها تستعرض عضلاتها على الجمعية الشرعية.