يشهد نهر النيل هذه الأيام انخفاضًا ملحوظًا فى منسوبه المائي، والذى تتدفق مياهه من الاتجاه الجنوبي للمحافظة، ويُلاحظ أن منسوبه يختلف من عام لاّخر.
وهذا التفاوت يجعل الاعتماد على استخدام المياه فى ري الأراضي الزراعية أمرًا صعبًا، فمن الممكن أن تتعرض لخطر البوار أو الفيضان حسب المنسوب المائي السنوي لنهر النيل.
