تعانى محافظة سوهاج من مشاكل متعددة، ما بين تراكم أكوام القمامة، وبرك الصرف الصحي، والظلام الدامس الذي يغطى أرجاء المدينة ليلا وانتشار ظاهرة رمي مخلفات البناء في الطرقات والساحات الموجودة بين المناطق السكنية، وأسفل الكباري وبشكل كبير، علما بأن هذه المخلفات يتم إلقاؤها نهاراً وليلاً.
كما انتشرت ظاهرة الباعة الجائلين وإشغالات الطُرُق، وفي الآونة الأخيرة يقوم أصحاب السيارات الملاكي والميكروباص والنقل والتاكسي بغسيل السيارات في الشوارع والطرقات والأماكن العامة والخاصة، مما تسببت في الإضرار بالشوارع والطرقات وتشويه المنظر العام للمدينة في غياب تام للأجهزة المعنية والوحدات المحلية، ومسئولي شركة مياه الصرف والنظافة .
