بعد مداخلته علي قناة الجزيرة مباشر مصر أثناء إقتحام قوات داخلية الإنقلاب لجامعة الأزهر الشريف التي حمل فيها شيخ الأزهر مسئولية اقتحام الحرم الجامعي والتعدي علي الطلاب ، واصفا إياه بالشيخ الساكت عن الحق ، والفتوي التي أصدرها بتحريم مُحاكمة الرئيس المختطف محمد مرسي ورفضه للإنقلاب العسكري بمصر أعلن الأزهر الشريف عن نقل الشيخ هاشم إسلام عضو لجنة الفتوي إلي وظيفة إدارية ومنعه من التواصل مع الجمهور أو الطلاب ..
وفى بيان رسمي ، اعتبر الأزهر أن الشيخ هاشم إسلام ليس له علاقة من قريب أو بعيد بالإفتاء، وليس عضواً بلجنة الفتوى بالأزهر، وغير مسند إليه أى عمل دعوى أو وعظى جملة وتفصيلا.
