يعتقد البعض أن تتأثر العلاقات الألمانية المصرية بشكل سلبي وغير مسبوق بسبب الأحكام المصرية الصادرة ضد أندرياس ياكوبس المدير السابق لفرع مؤسسة "كونراد أديناور" الألمانية في القاهرة بالسجن خمسة أعوام وغرامة مالية وإغلاق مكتب المؤسسة ومصادرة وثائقها وممتلكاتها بتهمة العمل لصالح منظمات غير حكومية غير مرخصة.
ويشهد الحزب المسيحي الديمقراطي بناءاً على هذا الحكم غلياناً واعتبره انتهاكاً للقانون الدولي مطالباً الحكومة الألمانية بخفض المساعدات التنموية التي تقدمها لمصر وتقليص حجم التبادل الدبلوماسي بين البلدين.
وأكدت المستشارة الألمانية أنجيلا ميركل في المؤتمر الصحفي الذي حضره رئيس الوزراء التونسي في برلين الذي عُقد منذ أيام عن تعامل ألمانيا في المستقبل مع الربيع العربي أنها مؤيدة للانتقادات التي تم توجيهها لمصر من المسئولين الألمان.كما ذكرت جريدة الأهرام.
بينما فسرت صحيفة "فرانكفورتر" الألمانية هذا الحكم على أنه انعكاس للصراع الدائر بين شرائح من القضاء المصري الذي يدعم الثورة المضادة والذي يهدف إلى إشعال الشارع المصري قبل مظاهرات 30 يونيو.