وقال حسان في شهادته أمام محكمة أمن الدولة :«فقه الجماعة يختلف عن فقه الدولة، ولن تستطع سياسة الجماعة ذات الطيف الواحد الانتقال إلى مرحلة الدولة ذات الطيف متعدد الألوان، ولما حدث الصدام الحقيقي بين الجماعة وبين الدولة، تكون النتيجة للدولة وهذا لم يحدث في مصر، ولن ينفع، وسبق أن حدث صدام بين الدولة وبين الجماعة بكل مؤسساتها شرطة وقضاة وشعب،  وتمنيت أن يحدث مثلما قام به الحسن بن أبي طالب عندما تنازل عن الخلافة لمعاوية بن سفيان، لمنع إراقة الدماء».

وعن رأيه في تنظيم داعش ليرد الشيخ محمد حسان، قائلا: إن تنظيم داعش هو رأس الخوارج وهم أصحاب الانحراف الفكري الذي يؤدي إلى التدمير والتخريب وهو الفكر الذي يتبناه تنظيم داعش الإرهابي وهو ما يخالف معتقد وأصول الدين الإسلامي، نافياً أن تكون أفكاره أو خطبه أو الدروس الدينية التي يلقيها أو يشرف عليها ذات صلة أو تشجع على ذلك الفكر الدموي.

وردًا على سؤال المحكمة أنه في الآونة الأخيرة ظهرت مجموعات متطرفة اتخذت من نفسها مسميات وإصباغ للدين ومنها الجماعة السلفية والجهادية وأنصار بيت المقدس وغيرها، ما رأيك في تلك الجماعات، ليرد الشيخ محمد حسان، إن تلك الجماعات التي اتخذت من عباءة الإسلام ومن كتاب الله وسنة رسوله، وتستحل الدماء من المسلمين وتستحل دماء إخواننا في الجيش والشرطة، فإنهم جماعات منحرفة وليس لها صلة بالإسلام.