جاء اختيار محمد إبراهيم لوزارة الداخلية في عهد الرئيس المنتخب محمد مرسي، بترشيح من قائد الانقلاب عبد الفتاح السيسي، فبعد خيانة محمد جمال الدين وزير الداخلية السابق وسحبة للشرطة من أمام قصر الاتحادية أثناء محاصرة القصر من قبل المتظاهرين، اقترح السيسي على الرئيس اسم إبراهيم بديلًا لجمال الدين.
ولد إبراهيم بمحافظة السويس في 10 أبريل 1953، وتخرج من كلية الشرطة عام 1976، وعقب تخرجه بدأ مهام عمله في وزارة الداخلية برتبة ملازم أول بمديرية أمن السويس عام 1980، وظل في مديرية أمن السويس يعمل في مجال البحث الجنائي لفترة طويلة بلغت 14 عاما، حتى تم نقله في عام 1994 للعمل في مديرية أمن الدقهلية.
وظل اللواء محمد إبراهيم يعمل في مباحث الدقهلية لمدة عام، وتم عقب ذلك نقله في 1995 للعمل في إدارة البحث الجنائي بمديرية أمن قنا، واستمر عمله بها لمدة عامين، حتى تم نقله عام 1997 للعمل في مديرية أمن الإسماعيلية في المباحث الجنائية، وظل يعمل بها لفترة طويلة بلغت 9 سنوات متواصلة حتى تم نقله في عام 2006 للعمل في قطاع التفتيش والرقابة بوزارة الداخلية.
تدرج إبراهيم في المناصب داخل قطاع التفتيش والرقابة التي عمل بها لفترة بلغت 4 سنوات، حتى تم نقله في عام 2010 للعمل في مديرية أمن أسيوط، وتم تنصيبه نائبا لمدير أمن أسيوط، وظل في ذلك المنصب لمدة عام واحد فقط، حتى تم ترقيته في 2011 ليتولى منصب مدير أمن أسيوط، ومع بداية تكليف اللواء أحمد جمال الدين بمنصب وزير الداخلية في بداية شهر أغسطس 2012، قرر ترقية اللواء محمد إبراهيم خلال حركة ترقيات بوزارة الداخلية ليتولى أخيرا منصب مساعد أول لوزير الداخلية، مديرا لقطاع مصلحة السجون، وظل يعمل به حتى تم تكليفه بتولي وزارة الداخلية في عهد الرئيس محمد مرسي في 5 يناير 2013.
واشتهر إبراهيم بوزير الملابس الداخلية، بعد أن تظاهرت حركة شباب 6 إبريل بملابسها الداخلية أمام منزله.
ويؤمن نشطاء بأن إبراهيم لا يختلف كثيرا عن عدلي منصور في الحصول على لقب "طرطور"، في ظل مباشرة السيسي بنفسه على العمل في الوزارة، ويساعده في ذلك قيادات تابعة للجيش تقوم بإصدار التعليمات.
في عهد إبراهيم قادت أجهزة الداخلية حملة اعتقالات واسعة بحق معارضي الانقلاب العسكر، كما أسفر فض قوات الأمن لاعتصامي رابعة العدوية والنهضة في عهده عن مقتل وإصابة الآلاف من مؤيدي الرئيس محمد مرسي الذين كانوا معتصمين رفضا للانقلاب عليه.
كما ارتكبت في عهد إبراهيم أكبر عدد من المجازر في تاريخ مصر الحديث بداية من الحرس الجمهوري، مرورًا بمذبحة رابعة، و 6 أكتوبر و25 يناير حتى المذابح اليومية وقتل المتظاهرين بشكل يومي.
