ذكر تقرير الجهاز المركزى للمحاسبات لعام ٢٠١٢ – ٢٠١٣، عن عجز كبير فى الميزان التجارى للهيئة القومية للسكك الحديدية، ومشروعات بالأمر المباشر، بلغ ٦ مليارات جنيه.
وأشارت التقارير ، إلى أن تعاقد الهيئة على إنشاء جراج رمسيس بتكلفة ٩.٩ مليون جنيه عام ٢٠٠٢، قفز إلى ٣٦ مليون جنيه، دفعت منها الهيئة حتى قرار الهدم ٣٢ مليوناً، ورغم مرور نحو ٨ سنوات على قرار مجلس الوزراء رقم ١٥ لسنة ٢٠٠٦ بالهدم، فإنه مازالت التحقيقات مستمرة للوقوف على أسباب إهدار الـ٣٢ مليوناً التى دفعتها الدولة لشركة النيل العامة للطرق والكبارى وعدد من المقاولين.
وأوضحت التقارير ،زيادة تكلفة محطة سيدى جابر بالإسكندرية من ٧٠ مليون جنيه إلى ٢٢٥ مليوناً، ورغم ذلك لايزال العمل مستمراً بها منذ عام ٢٠٠٧، رغم أن العقد الأصلى يلزم الشركة بالانتهاء منها خلال ١٢ شهراً، مشيرة إلى أن الأسعار الواردة بمستخلصات الأعمال تعبر عن وجهة نظر المقاول والاستشارى، إذ لم تنته اللجنة لتحديد الأسعار النهائية من أعمالها، ما ينتفى معه حالة الضرورة التى تبرر الإسناد عن طريق الأمر المباشر.
وذكرت قيام شركة المركز الطبى المملوكة للهيئة بالتعاقد فى عام ٢٠٠٩ مع مجلس الدفاع الوطنى ، لتطوير وتحديث مبنى مستشفى الهيئة بالقاهرة بالأمر المباشر، بتكلفة تصل إلى نحو ١٢٠ مليون جنيه، منوهة إلى أن الهيئة تعاقدت مع شركة النصر العامة للمقاولات لتطوير محطة رمسيس مقابل ٨٠ مليون جنيه، إلا أنه تم تعديل التعاقد ٣ مرات لتصل القيمة الإجمالية للتطوير لنحو 200 مليون.
وكانت التقارير قد كشفت أيضًا أنه أثناء عمليات الجرد التي قام بها الجهاز للأصول الثابتة في السكة الحديد، وجد بعض أوجه القصور التي شابت أعمال لجان الجرد ترتب عليها عدم التحقق من الوجود الفعلى لبعض أصول هيئة السكة الحديد الثابتة في 30 يونيو 2013 نتيجة عدم استدلال لجان الجرد التابعة للجهاز على بعض هذه المفردات، ومنها أن هناك أصولا موجودة على أجهزة الحاسب الآلى بلغت قيمتها 5 ملايين و118 ألف جنيه، ولكنها غير موجودة على أرض الواقع ولم يستدل عليها بقطاعى البنية التحتية والخدمات المشتركة، وطالب الجهاز ببحث أسباب ذلك وإجراء التصويب، وجاء رد السكة الحديد أنه جار حصر هذه الأصول، فضلا عن وجود بعض الماكينات والمعدات التي تم توريدها واستلامها قبل 30 يونيو 2013 وغير مدرج قيمتها بكشوف الحاسب الآلى وبلغ قيمتها 10 ملايين يورو.
